以下のような形でMagSite1を配置すると、後から配置した方のMagSite1が動作しないことが分かりました。
1) 仮想サイトにMagSite1を配置する
2) その仮想サイト下の仮想ディレクトリにMagSite1を配置する
3) あとから配置した方のMagSite1にアクセスするとエラー画面になり動作しない
原因は、web.configファイルのModulaF.dllの指定がバッティングすることです。上位側の指定で既にインストール済みのものがもう一度指定されたと判断されているようです。
この問題に対処する上手い方法が思い付かないのと、現実的にこのような配置を行う可能性は低いだろうと予想されることから、これは制限事項とさせて頂きます。
MagSite1を配置するサイト/ディレクトリはネストした関係にならないようにしてご使用下さい。