VS2010とTFSのインストーラープロジェクトで不要のファイルを除外しても除外しても戻ってくるのでおかしいと思って調べたら分かりましたよ。
セットアップ プロジェクトと配置プロジェクトのトラブルシューティングより
セットアップ プロジェクトからファイルを除外し、ソリューションを閉じてから開き直すと、そのファイルがまた含まれる場合があります。この問題は、同じ DLL ファイルが 2 つのソースの場所から取得され、2 つのコピーが存在する場合に発生します。
このエラーを回避するには、一方のファイルの [ローカルにコピー] プロパティを変更します。
1.ソリューション エクスプローラーで、削除する DLL 参照をクリックします。
2.[表示] メニューの [プロパティ ウィンドウ] をクリックします。
3.[ローカル コピー] プロパティを False に設定します。
これで消しても消しても入ってくるゾンビDLLは出なくなりました。
ふう。やれやれ。
他にも関係ないファイルが紛れ込んでいるプロジェクトが、同じ原因で存在するかもしれないなあ。
感想 §
本当は別件を追っていたのだけど、玉突きでいろいろ問題が出てもうめちゃくちゃ。